LEaP基础

本文介绍了分子动力学模拟软件AMBER中程序LEaP的基础知识。LEaP是连接化学结构文件（如.pdb和.mol2）与AMBER模型参数文件（如.lib、.prepi、parm.dat和.frcmod）的桥梁。它根据参数文件生成用于模拟的拓扑文件和坐标文件。文章详细解释了LEaP的工作原理、标准和非标准残基库文件、添加键以及常见错误和解决方法。